[giaban]0.000 VNĐ[/giaban]
[kythuat]
[/kythuat]
[tomtat]
[tomtat]
Khai
thác kiến trúc phân tán và chia sẻ tìm sự tương đồng của các trình tự sinh học
File toàn văn Down tại đây or Down tại đây or Down tại đây (File nén)
File thuyết trình Down tại đây or Down tại đây or Down tại đây
MỤC
LỤC
LỜI
CẢM ƠN
LỜI
CAM ĐOAN
TÓM
TẮT
DANH
MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT
DANH
MỤC HÌNH
DANH
MỤC BẢNG
DANH
MỤC BIỂU ĐỒ
MỞ
ĐẦU
CHƯƠNG
1. TỔNG QUAN
1.1.
Giới thiệu vấn đề
1.2.
Tổng quan về sinh tin học
1.2.1.
Amino acid và tính chất
1.2.2.
DNA và RNA
1.2.3.
Protein
1.2.4.
Ngân hàng dữ liệu và phần mềm trong sinh tin học
1.3.
Bắt cặp trình tự
1.4.
Song song hoá dữ liệu trên môi trường phân tán dùng MPI
1.5.
Công nghệ CUDA giải quyết bài toán sắp hàng trình tự.
CHƯƠNG
2. CÁC PHƯƠNG PHÁP SẮP HÀNG TRÌNH TỰ
2.1.
Khái niệm alignment
2.1.1.
Ký tự ―gap‖
2.1.2.
Hàm đánh giá
2.1.3.
Phân loại bắt cặp trình tự
2.2.
Bắt cặp hai trình tự (Pairwise Sequence Alignment-PSA)
2.3.
Bắt cặp đa trình tự (Multiple Sequence Alignment-MSA)
2.4.
Các thuật toán so sánh các trình tự sinh học
2.4.1.
Thuât toán Needleman – Wunsch
2.4.2.
Thuật toán Smith-Waterman
CHƯƠNG
3. MÔI TRƯỜNG LẬP TRÌNH CUDA VÀ MPI
3.1.
Khái niệm và thuật ngữ
3.1.1.
Kiến trúc máy tính Von Neumann
3.1.2.
Phân loại theo Flynn
3.2.
Môi trường lập trình CUDA
3.2.1.
Giới thiệu bộ xử lý đồ hoạ - GPU.
3.2.2.
Môi trường lập trình CUDA
3.3.
Môi trường lập trình truyền thông điệp với MPI
3.3.1.
Lịch sử MPI
3.3.2.
Đặc điểm của MPI
3.3.3.
Cấu trúc chương trình MPI
3.3.4.
Cách lập trình MPI
CHƯƠNG
4. GIẢI THUẬT VÀ PHƯƠNG PHÁP HIỆN THỰC HÓA GIẢI THUẬT TRÊN MÔI TRƯỜNG MPI KẾT
HỢP CÔNG NGHỆ CUDA.
4.1.
Thuật toán Smith-Waterman
4.2.
Xây dựng giải thuật song song và cài đặt trên môi trường CUDA
4.3.
Song song hoá xử lý dữ liệu dựa trên mô hình truyền thông điệp MPI
4.3.1.
Lý do chọn mô hình truyền thông điệp MPI
4.3.2.
Mô tả bài toán
4.3.3.
Mô tả thuật toán
CHƯƠNG
5. KẾT QUẢ THỰC NGHIỆM
5.1.
So sánh thời gian chạy chương trình.
5.2.
So sánh độ chính xác.
KẾT
LUẬN
TÀI
LIỆU THAM KHẢO
Bài viết liên quan
